El actual PNV de Uruguay fue creado en el año 1982 por la ley 15272, que declaraba obligatoria la vacunación contra la tuberculosis (vacuna BCG), difteria, tos convulsa (pertussis), tétanos (vacuna DPT), poliomielitis (vacuna OPV), sarampión, rubéola y paperas (vacuna triple viral o SRP).

A las 8 vacunas iniciales del año 1982 se agregaron nuevas vacunas: en 1994 Haemophilus influenzae tipo b (Hib); en 1999 Varicela y Hepatitis B (administrada en la vacuna pentavalente); en 2008 Hepatitis A y vacuna conjugada antineumococica 7 valente, que a partir de marzo de 2010 se rotó a vacuna conjugada antineumococica 13 valente.

De esta manera Uruguay administra actualmente 13 vacunas en su PNV para prevenir 15 infecciones. La vacunación es gratuita y obligatoria para todo el territorio nacional, tanto en establecimientos estatales como privados para todas las vacunas que compone el PNV.

La vacunación es un programa prioritario del Ministerio de Salud Pública (MSP). A partir de la puesta en marcha del Sistema Nacional Integrado de Salud, se ubica como una de las metas prestacionales que se solicitan a cada organismo prestador de salud como indicador de calidad de atención, dentro del programa de prevención de la niñez.